本作為劇場版作品，描繪於1996年至1997年播映的電視動畫系列的後續故事。有別於給人輕鬆搞笑印象的電視系列，本作的故事風格轉為嚴肅硬派。由廣受觀眾喜愛的星野琉璃擔任主角，描述由她的角度來看待電視動畫系列的主角明人成了黑衣復仇鬼的故事。

地球與木星之間，圍繞著火星古代遺跡的爭端終結後3年，機動戰艦撫子上的成員們也都各自過著平穩的生活。
時值16歲的星野琉璃成為新建造的實驗戰艦撫子B的艦長，在調查殖民地爆炸事件時，被捲入由「火星後繼者」發起的政變之中。
為了搶回遭奪的火星古代遺跡，撫子B動身出發。
然而出現在她眼前的，竟是本該已故的天河明人……