搭乘汎用人型決戰兵器「EVA」的14歲少年碇真嗣，挺身投入與稱為「使徒」的神秘敵人的戰鬥之中，並且與同樣成為福音戰士駕駛員的綾波零以及式波‧明日香‧蘭格雷一起迎擊來襲的使徒。NERV以及14歲的少年少女們該如何對抗逐漸逼近的危機？等待他們的具衝擊性的命運又是什麼！？

使半數人類致死的「第二次衝擊」後經過15年……神秘敵性體「使徒」逼近正逐漸復興的人類，能與之對抗的只有汎用人型決戰兵器「EVA」。被選為駕駛員的14歲少年「碇真嗣」在不明白戰鬥理由的情況下，面對賭上人類命運的戰鬥。使徒的真面目是？而隱藏在第二次衝擊背後的「人類補完計畫」的真相又是什麼？