本作是《機動戰士鋼彈SEED》的續篇,以前作2年後的世界為背景,並以新的主角真‧飛鳥以及與其一同行動的人們為主軸展開故事。加上前作的角色們,各自所抱持的正義與信念相互交錯的故事引起了廣大的迴響。
在地球聯合和札夫特雙方皆付出龐大犧牲的戰爭結束後已過了2年。人們即使滿身瘡痍,仍一點一滴地朝未來前進。在前次戰爭中失去家人的主角真‧飛鳥,即使有著深沉的內心創傷仍成為脈衝鋼彈的駕駛員,以札夫特王牌的身分投身於戰場。地球聯合、札夫特、歐普……受各國謀略所擺布仍持續戰鬥的年輕人們,究竟會掌握何等命運……?