本作原先預計製作成電視動畫系列，最終成為紀念劇場版《機動戰士鋼彈》上映10週年的劇場版作品，講述了《機動戰士鋼彈 逆襲的夏亞》30年後的世界。本作匯聚了《機動戰士鋼彈》的原班人馬，除了導演富野由悠季外，還有負責角色設計的安彥良和，以及擔任機體設計的大河原邦男，共同再現經典。由創造出鋼彈原點的製作團隊所傾力打造的這部作品，展現出了未來的新人類姿態，以及新時代的鋼彈。

宇宙世紀0123年──由於地球聯邦政府日趨腐敗，提倡宇宙貴族主義的骷髏尖兵在新興殖民地佛隆迪亞IV發動了武裝起義。受戰火波及的西布克‧阿諾及其他佛隆迪亞學園的學生們嘗試逃脫，其中一名學生賽西莉‧菲亞查德卻遭骷髏尖兵的MS擄走。西布克等人好不容易由宇宙戰艦的練習艦太空方舟號所收留，卻不料那裡頭搭載了西布克的母親所設計的新型MS「F91」。由於敵方MS來襲，西布克不得不搭上F91迎戰……他們究竟能否生還，並奪回賽西莉！？